История компании отсчитывается с 1992 года, когда было зарегистрировано акционерное общество «Фрейт Линк», в том же году приобретено право на использование торговой марки PONY EXPRESS (легендарная американская почтовая служба
Pony Express основанная в период с 1860 по 1861 год - XIX века, чьё имя сделал нарицательным девиз «Почта должна быть доставлена любой ценой»).
Вскоре компания стала одним из ведущих операторов на российском рынке экспресс-доставки, предоставляя услуги по доставке документов, пакетов и грузов по принципу от «двери до двери».
В 1994 году было открыто представительство PONY EXPRESS в Казахстане, через год — на Украине.
В 2002 году ООО «Базовый элемент» приобрело контроль над тремя российскими компаниями экспресс-доставки: PONY EXPRESS, Эльф-91 и RUSCO[4][5]. В 2004 году мощности трёх компаний были консолидированы в рамках группы компаний PONY EXPRESS — ставшей таким образом крупнейшим российским оператором экспресс-доставки.
В 2007 году компания вышла на рынок Армении.
В 2012 году PONY EXPRESS стала лауреатом премии «Компания года 2012» в категории логистика и грузоперевозки.
В начале декабря 2014 года группа объявила об изменении стратегии и планах стать универсальным логистическим оператором[9]. Кроме экспресс-доставки и визовых услуг, планируется развитие услуг складского хранения, обработки, управления запасами, маршрутизации и экспедирования. В 2015 году компания намеревается открыть пять логистических хабов для децентрализации поставок — в Санкт-Петербурге, Ростове-на-Дону, Казани, Екатеринбурге и Новосибирске. Сумма инвестиций в реализацию новой стратегии в течение пяти лет оценивается в 1 млрд рублей.
В 2015 году группа компаний вышла на рынок Республики Беларусь, начав с предоставления визовых услуг и открыв офисы в Минске и Витебске. В дальнейшем планируется организация экспресс-доставки внутри республики и осуществление международной доставки.
В 2016 году компания открыла логистический терминал во Владивостоке.
В 2017 году компания вышла на рынки Киргизии, Азербайджана, Молдавии, Латвии. Открыт логистический терминал в Риге.
По состоянию на 2018 год, среди владельцев и акционеров АО «ФРЕЙТ ЛИНК» холдинг «Базовый Элемент» не значится
В 2018 году ежегодный объём отправлений, обслуживаемых PONY EXPRESS превысил отметку в 11 000 000.
Сегодня компания осуществляет свою деятельность в 13 странах ближнего зарубежья и доставляет почту и грузы в 210 стран мира.